Através do Decreto nº 3.143, de 24 de abril de 1923, foi criado em São Borja um Corpo Provisório, sendo que a partir de 1948, transformou-se no 1º Pelotão do 1º Esquadrão do 1º Regimento de Polícia Montada, com sede em Santa Maria/RS.

 Em 1970 é criado o 3º Pelotão de São Borja, passando a pertencer ao 1º Esquadrão de Polícia Rural Montada Independente, com sede em Santiago/RS.

 Em 13 de Agosto de 1974 é criado o 2º Esquadrão de Polícia Montada, pertencente ao 5º RPMon com sede em Santiago, através do Decreto nº 23.245 e 23.246, publicados no Diário Oficial do Estado de 13 de Agosto de  1974 com retificação no DOE de 03 Dez 74.

 Em 01 de Setembro de 1998 o então 2º Esquadrão de Polícia Montada desligou-se do 5º Regimento de Polícia Montada, passando a constituir um OPM subordinado ao Comando Regional de Polícia Ostensiva da Fronteira Oeste com sede em Santana do Livramento/RS, através do Decreto Estadual nº 38.548 de 08 de jun 98, sendo denominado como Esquadrão São Borja.

 Em 1º de Abril de 2004 passou a denominar-se 3ª Companhia do 14º Batalhão de Polícia Militar, com sede em São Luiz Gonzaga, subordinado ao Comando Regional de Polícia Ostensiva Fronteira Noroeste, com sede em Santa Rosa.

 Em 28 de Abril de 2005, através do Decreto Lei nº 43766, é criado o 2º BATALHÃO DE POLICIAMENTO DE ÁREA DE FRONTEIRA, com sede no município de São Borja, com Área de Ação nos Municípios de Itaqui, Maçambará e Garruchos.

 Em 22 de outubro de 2008, através da Lei nº 13.048 o prédio recebe a denominação de “Batalhão Coronel José Hilário AjallaRetamozo”.

 Como missão, o 2º Batalhão de Policiamento de Área de Fronteira executa o Policiamento Ostensivo Preventivo nos Municípios de São Borja, Itaqui, Garruchos e Maçambará; com a finalidade de cumprir as Missões Constitucionais da Manutenção e Preservação da Ordem Pública através da execução do Policiamento Ostensivo, visando prevenir e coibir todos os tipos de crimes.

 O 2º BPAF é constituído pelo Estado Maior e por duas Companhias, sendo a 1ª Cia sediada em São Borja, com o 5º Grupo de Polícia Militar em Garruchos, e a 2ª Cia em Itaqui, com o 4º Grupo de Polícia Militar em Maçambará.

 Como forma preventiva, o 2º BPAF atua através do Programa Educacional de Resistência às Drogas e à Violência - PROERD em diferentes escolas do município, neste ano de 2019 o PROERD completa 17 anos de atividades em São Borja. O PROERD é a Brigada Militar agindo na prevenção.

 O Quartel do 2º Batalhão de Policiamento de Área de Fronteira está localizado na Rua João José de Oliveira Freitas nº 520 - Vila Cabeleira, e atende pelos telefones 3431-1585, 3430-3004 e EMERGÊNCIAS pelo fone 190.