O Comando dos Órgãos de Polícia Militar Especiais teve sua origem em 22 de fevereiro de 2002, através do Decreto Estadual 41.427, e foi instalado oficialmente em 25 de março de 2002, junto ao QCG.
No dia 23 de abril de 2002, através da Portaria nº 130/EMBM, foi vinculado e subordinado ao COE a “Força Tarefa”, que era encarregada da administração e da segurança interna dos Estabelecimentos Penais vinculados a SUSEPE e das unidades de internação da FEBEM.

O Comando dos Órgãos de Polícia Militar Especiais (COE), subordinado ao Comando-Geral, é o responsável pelo planejamento, controle e fiscalização das atividades técnicas e administrativo-operacionais dos OPM Especiais ( Art. 22 do Dec 42.871\04).
Na sua estrutura possui como subordinados os seguintes batalhões:
Batalhão de Aviação da BM;
Batalhão de Operações Policiais Especiais;
Batalhão de Polícia Fazendária;
Batalhão de Policia de Guarda;
Cadeia Pública de Porto Alegre e
Penitenciária Est Jacuí.