Até 1969, a região de Erechim possuía guarnições da Brigada Militar pertencentes ao 3º Regimento de Polícia Montada de Passo Fundo, Unidade responsável, na época, pela manutenção da ordem pública em quase toda a região norte do estado.

Em 1970, por ato do então Governador do Estado, Coronel de Polícia Militar Walter Peracchi de Barcellos (Decreto 20.277, de 13 de Maio de 1970) é criada, em Erechim, a 1ª Cia de Polícia Militar Independente (1ª Cia Ind), que toma para si a responsabilidade sobre a região do Alto Uruguai. A instalação efetiva da 1ª Cia Ind se deu em 1º de Julho de 1970, sendo considerada esta, a data comemorativa do aniversário do 13º BPM.

Em 1974 (Decreto 23.245, de 13 de Agosto de 1974) a 1ª Cia Ind é transformada no 13º Batalhão de Polícia Militar (13º BPM).

Em 1988, em homenagem a seu primeiro Comandante, o então Major Cecílio dos Santos, o 13º BPM recebeu a denominação histórica de "Batalhão Tenente Coronel Cecílio".

Hoje, o 13º BPM é composto por trinta e sete municípios, são eles: Erechim - Sede do 13º BPM, Aratiba - Pel, Áurea - GPM, Barão de Cotegipe - GPM, Barra do Rio Azul - GPM, Benjamin Constant - GPM, Campinas do Sul - Pel, Carlos Gomes - GPM, Centenário - GPM, Charrua - GPM, Cruzaltense - GPM, Entre Rios do Sul - GPM, Erebango - GPM, Erval Grande - GPM, Estação - GPM, Faxinalzinho - GPM, Floriano Peixoto - GPM, Gaurama - Pel, Getúlio Vargas - Cia, Gramado dos Loureiros - GPM, Ipiranga do Sul - GPM, Itatiba do Sul - GPM, Jacutinga - GPM, Marcelino Ramos - Pel, Mariano Moro - GPM, Nonoai - Cia, Paulo Bento - GPM, Ponte Preta - GPM, Quatro Irmãos - GPM, Rio dos Índios - GPM, São Valentin – Pel, Sertão - GPM, Severiano de Almeida - GPM, Três Arroios - GPM, Três Palmeiras - GPM, Trindade do Sul - GPM, Viadutos - GPM.